Buenas Juan Carlos, en el último punto de tu anterior comentario, no me queda claro esta parte:
Cita: Una solución más radical, pasaría por eliminar todo el sitio y hacer una redirección a través del .htaccess para que todos los errores 404 vayan a la home, y así conserves algo de valor, y una vez Google te haya desindexado las URL's antiguas por completo, subir de nuevo el nuevo diseño, nuevo sitemap, etc.
Es decir, una vez que ya no me aparezcan esas URL en WMT, tendría que subir de nuevo el diseño de la web con un nuevo sitemap ??
Lo del sitemap nuevo lo veo lógico, pero porque debo subir de nuevo el diseño?
Gracias de nuevo.