Como te comenté: Manual de referencia de MySQL:: Panorámica de InnoDB.
Dice textualmente:
Cita: A pesar de estar totalmente integrado con el servidor MySQL, el motor de almacenamiento InnoDB mantiene su propio pool de almacenamiento intermedio para tener un cache de datos e índices en la memoria principal. InnoDB almacena sus tablas e índices en un espacio de tablas, el cual puede consistir de varios ficheros (o particiones disco). Esto difiere de, por ejemplo, el motor MyISAM, donde cada tabla se almacena empleando ficheros separados. Las tablas InnoDB pueden ser de cualquier tamaño, aún en sistemas operativos donde el tamaño de los ficheros se limita a 2GB.
Eso implica que los archivos que ves en la carpeta de una base de datos dada, que sean InnoDB,
no componen los datos de la tabla, sino sólo la parte de la definición de la estructura de la misma.
Para replicar una tabla con sus datos en otro esquema se debe hacer de otra forma. Usualmente se hace un backup con mysqldump, que e suna aplicacion de consola de comandos de sistema operativo, ejecutable en forma manual o por programación.
Respecto a tablespace:
http://en.wikipedia.org/wiki/Tablespace
En esencia significa que existe una única unidad lógica, compuesta por un archivo en este caso, donde residen todos los componentes de la base, semejante a un archivo de BBDD en Access. Pero en este caso ese archvo puede ir encadenando N segmentos, los cuales dependen uno de otro, y es allí donde están realmente los datos.
Por eso copiar el archivo no es suficiente para copiar una tabla.