Hola,
La forma más común de eliminar una cookie en PHP, como puedes
encontrar en el manual de PHP, es usando la función setcookie(), estableciendo un valor vacío para la cookie determinada que quieres eliminar, y estableciendo además un tiempo de expiración ubicado en el pasado, de modo que el navegador del cliente se encargue de la eliminación de la cookie.
Un ejemplo de esto sería algo como:
Código:
// la fecha de expiracion se define como una hora antes de la hora actual
setcookie ("nombre_de_la_cookie", "", time () - 3600);
Un saludo