buenas...
los scripts en un html no son ejecutados por nodejs. nodejs es simplemente un entorno que tiene como base a javascript y no necesariamente tiene que funcionar como servidor http. hasta donde conozco, en ese sentido cuando nodejs sirve un documento por http, lo envía como un archivo estático sin procesar. o sea, lo mismo como si tuvieras un servidor http normal. si tu quieres ejecutar un javascript para nodejs dentro del documento html, entonces tienes que primero procesar el documento desde nodejs antes de ser enviado al cliente. o sea, básicamente lo mismo como el método tradicional con otros lenguajes. no estoy seguro si el módulo express te puede servir para esto.
Cita: El problema es que tengo varias funciones escritas en javascript bastante pesadas y quiero que se ejecuten del lado servidor, porque demora mucho tiempo si son ejecutadas por el cliente.
tengase claro que en la mayoría de los casos no puedes reemplazar el javascript de lado cliente por nodejs. especificamente si son tareas que manejan el DOM del documento.