Bajate el
http://the.earth.li/~sgtatham/putty/.../x86/putty.exe para windows, ejecutas, pones el IP y conectar, pones "root" como user y el password.
Editas el php.ini o cualquier archivo con el "pico" o "nano"
Ej. pico /usr/lib/php.ini o nano /dir/dir/file.txt ...etc. control+X graba.
O si tenes un Mac, (OS X), simplemente en la consola pones : ssh IP -l root
te pide el password y entras, y ahi lo mismo que el otro.
Saludos