Si, generalmente se pone en un subdominio o carpeta (
www.dominio.com/clientes ...
www.dominio.com/billing ... o simplemente
www.dominio.com/whmcs )
Asi mismo, es posible hacerlo funcionar desde root, y hay templates para ello también. (como por ejemplo, puedes ver aqui
http://whmcstemplates.com )
En mi caso, uso tambien un CMS que es el MODX (
http://modx.com), pero lo he integrado con un WHMCS practicamente en root, de modo que se pueda ingresar directamente al cart.php ej:
http://cascompany.net/cart.php?gid=20 sin ningun directorio, pero esto no es en base a ningun template, mas bien todo hand coded :) ... no tengo idea si se puede hacer tal implementacion en joomla por ejemplo ... pero asi mismo.... el problema de la carga que mencionas... debe ser que, o bien tienes algun plugin o algo que lo hace andar lento (prueba deshabilitar todos e ir habilitando de a uno, y lo pruebas con alguna pagina de prueba de carga/tiempo) o bien es que el host donde estas anda lento (ya sea por el cpu, o la mysql, que hace que el joomla se demore en cargar).
Yo he hecho sitios muy pesados que cargan rápido... mira este (es wordpress)
http://www.espaciofemenino.net fijate lo cargado que esta el home (montones de links a posts, con foto y todo, son cientos de consultas sql), y asi y todo solo tarda unos segundos en cargar.
Si haces una pagina para un host, seguramente sera mucho mas liviana, y deberia cargar aun mas rápido, o puedes usar alguno de los templates que te menciono, y solo usar algun CMS simple para la seccion de blog y/o noticias del sitio.
Algun modulo de cache, puede acelerar tambien la carga, así mismo el gzip si el servidor tiene cpu libre claro esta.
Saludos.