En teoría un subdominio es un apéndice separado del dominio principal, por lo que si hipotéticamente el subdominio fuera penalizado, no recaería la losa sobre el dominio principal también.
No obstante, si ya dices en un principio que "
el intercambio recíproco de enlaces no ayuda y hasta puede llegar a perjudicar el SEO", ¿por qué te planteas esta situación, aunque sea en un subdominio?
Si la página con la cual lo vas a hacer no le das importancia, prueba a hacerlo como experimento, y si cuela, cuela, pero si es un proyecto que te da de comer o le tienes un afecto especial, no me la jugaría.