¿Cómo denegar acceso a otros subdirectorios de public_html?

[skamasle]

Bueno en primer lugar esta mal diseñada la estructura, lo ideal hubiera sido poner a cada cliente con un nombre de usuario distinto /home/cliente1 /home/cliente2 y que PHP se ejecute en cada cliente con su nombre de usuario.

Así como lo montas esta un poco complicado, pero se puede hacer, si creas para cada cliente un usuario distinto y configurar suexec y suphp y, también lo más útil es añadir una directiva de open_base_dir para cada cliente, así solo podrán escribir, ver, abrir etc en la ruta definida, que será la carpeta del cliente, un tmp y poco más.