Hola,
La solucion podria ser usar las funciones de control de buffer de PHP
http://www.php.net/manual/en/ref.outcontrol.php .
Otra opcion seria llamar a pepe.php desde otro script que sea el que guarde lo devuelto. Seria usando fopen() (o semejantes) pasandole la URL absoluta del script pepe.php:
Código PHP:
$fd=fopen("http://dominio.com/pepe.php",'r');
Luego puedes leer de $fd como si de un fichero normal y guardar ese contenido en un fichero. Este metodo necesita que tu PHP tenga activado los fopen wrappers (
www.php.net/wrappers).
Saludos.