Seguro lo que está haciendo es: 0-2^2 y esto si da -4.
-2^2 debe dar 4 si o si.
Usa la tecla de números negativos de tu calculadora científica (en algunas se presiona primero el número y luego la tecla +/- para convertir un número en negativo), no sirve oprimir restar y luego el número porque toma un cero inicial.
Un mini manual de calculadora científica:
http://www.ctv.es/USERS/vaello/manual/c-signes.htm
PHP tiene toda la razón.
Saludos.