Ya eso es a tu gusto, yo igual a veces uso el ejemplo 2 o el 3.
Lo importante es que lo que sigue dentro del head y body este ordenado con buena indentación para una fácil lectura del código.
Código HTML:
Ver original <?php
$var = 0;
/* Resto de código */
<?
Mi sitio
Donde se ve claramente que el input va dentro de un parrafo por ejemplo, creo que es lo primordial y la correcta
apertura de etiquetas y el cierre de etiquetas, ya que esto si es importante si luego quieres pasar este código a
un XML en el cual si se respeta estos conceptos ya que viene definido el estilo en un fichero que debe en la
mayoría de los casos cumplir este factor.
Saludos!