El problema es que estas usando IFrames y es como si tuvieras ventanas de tu propia pagina dentro de la página
Según vi en el archivo, pasa lo siguiente:
Entras por primera vez a la página.
No se recibe nada por GET, asi que no muestra nada
Después le das en Registrar, esto te manda algo por GET que hace que se muestre un IFRAME con el contenido de la página de Registro, PERO sigues aun en la página principal.
Cuando le das al boton de Crear una cuenta nueva, te manda a la pagina de Index pero DENTRO del IFRAME que abriste antes.
Y si vuelves a presionar Registrar, hará lo mismo y asi y asi.
Es como si tuvieras una página, y un IFRAME que crea otro y otro y otro pero aun dentro de la página primera.
Te recomendaría que mejor en vez de usar un Iframe, la página de Registrar sea otra, es decir, Tienes tu página de Index.php, tu página de registro.php y otras que necesites.
¡Saludos!
