Una base de datos optimizada indirectamente debe de ser bueno para el SEO, para tener un sitio mejor y hasta para dormir mejor, porque al final te deja más tiempo para todo lo demás. Y a nadie le sobra tiempo.
Yo nunca usaría un CMS, pero hace no mucho tuve que migrar una base de datos de WordPress bastante caótica a algo propio. Así que lo ideal es migrar el contenido. De hecho si lo haces de forma que al final quede todo bien optimizado, seguramente tengas la misma sensación que la de encontrarte un millón de Euros en la calle; te dan espasmos nerviosos de todas las cosas que ahora vas a querer hacer.
Normalmente un rediseño requiere tiempo y trabajo. Supongo que si es con CMS entonces existe una dificultad añadida, ya que te metes en dos sistemas que no has creado tú y por lo tanto no es tan cómodo como unos calzoncillos propios. Pero no hay duda en que optimizarlo todo, aunque no haciéndolo el resultado de cara al usuario sea el mismo, es siempre, sin duda, la mejor de las opciones —y si eres alemán la única.
Y lo de mantener dos versiones sólo porque un campo sea diferente —o incluso varios— no me parece lógico, ya que siempre puedes indicar en el sitio nuevo que en caso de estar ese campo vacío o
nulleado no se haga lo que se tenga que hacer.
Y de cara al usuario, que al final es quien debe de ser la razón de las cosas, tener algo homogéneo y no bichos moribundos creo que es mejor también.
Luego si las URL son diferentes, pues sabrás mejor tú que yo.
Aunque si las optimizas pues un 301 y a correr. Si Google penaliza eso o no, no lo sé, pero me parecería raro que por usar algo correctamente Google penalizara ¿no?