Cita: Mi pregunta es, ¿por dónde debo empezar para lograr esto? asumo que las entidades bancarias deben tener algún API que te genere ese número de referencia, y que de alguna manera puedes ligar con tu base de datos para que el campo booleano de pago se actualice.
Normalmente los bancos tienen empresas asociadas que proveen los servicios de middleware, y es con esas empresas con quienes debes tratar los aspectos técnicos y contractuales.
Consulta en el área de servicios para empresas del banco por ese detalle.