Formas de conectarse a base de datos

[Nexus10]

Hola a tod@s.

Me gustaría saber si se pueden mezclar en un mismo proyecto varias formas de conectarse a base de datos.
La cosa es que tengo dos proyectos separados y los quiero juntar en uno solo. Uno se conecta mediante mysqli y el otro mediante PDO. Los dos proyectos leen de la misma base de datos pero cada uno escribe y modifica tablas distintas. ¿Habría algún problema con esto?.
Por ejemplo, supongamos que tenemos un bucle, y dentro de este bucle se llaman a dos funciones. La primera función llama a un archivo donde el acceso a la base de datos es mediante mysqli. La segunda función llama a otro archivo donde el acceso es mediante PDO.
Antes de ponerme a juntar los dos proyectos me gustaría saber si se puede hacer o debería modificar el código para que solo se usara un método.

Muchas gracias. Un saludo.