Si haces un phpinfo() a tu servidor .. verás algúnos límites sobre el "upload" máximo que puedes hacer ..
Fijate en directivas como:
upload_max_filesize
post_max_size
E incluso del:
max_execution_time
max_input_time (esta última salió en PHP 4.3.0 en adelante si mal no recuerdo ..)
Eso por la parte de PHP .. Por la parte de Mysql .. también tiene limitaciones ->
www.mysql.com si quieres verlas (ahora no recuerdo bien donde o cuales son ..)
Un saludo,