Yo tendría esos datos de configuración en una BD .. Suponiendo (que así será) .. el usuario al entrar al sistema se autentifica .. en ese instante volcaría esos datos de configuración para tus módulos a unas variables de sesión (o en su defecto cookies). ..
A partir de ahí trabajaría con esa configuración de la sesión .. así libero consultas a la BD .. (por supuesto si cambian los datos de preferencias .. ahí tocaría volver a volcar las variables a la sesión/cookie para que queden disponibles para tus módulos)
Por lo menos así es como trabajo yo 1 consulta mas o menos compleja al "longearse" el usuario en el sistema donde obtengo sus preferencias y a partir de ahí me olvido de más consultas a la BD hasta que no se modifique o haga un nuevo "login" el usuario.
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Los problemas que tienes sobre como orginazar esos datos en tu BD .. pasan por un tema que denominan "normalización" (dentro del "modelo de datos") .. Esa teoría define como puedes organizar tus tablas/datos para que mantengan la relación entre ellos como corresponda ..
Puedes ver un artículo del tema en:
http://www.mysql-hispano.org/page.php?id=16
Un saludo,