Creo que cuanto más alto era el z-index, más arriba sale la capa, luego se trata de que las capas visibles tengan los z-index más altos... (vamos creo que era así, espero no estar muy
)
De todas formas si te refieres a que un <select> queda encima de la capa cuando debería quedar por debajo, te cuento que no existe solución para ello, siempre el <select> quedará encima (igual que un objeto flash).