Cita: La version de mysql 5.2(MysqlWorbench 5.2 CE).
Eso es el MySQL Workbench, pero no el servidor de MySQL. Asumo que el servidor de MySLQ está insyalado y operativo si lo invocas en consola.
Tu problema está en la aplicación, muy probablemente corrupta por alguna razón.
¿Probaste desisntalarla completamente y reinstalarla (no olvidar que es gratuita)?