Subdominios vs directorios: ¿de verdad da igual?

[JBRS]

Hace años pasé una web a subdominios porque parecía que tener sus categorías clasificadas por subdominios rendía mejor para indexación. Ahora ya no veo esa ventaja en resultados, incluso dudo si no penaliza.

He estado buscando información y veo que desde Google se nos dice que hagamos lo que nos venga mejor, que no es un parámetro ni mucho menos definitivo. Pero yo incluso sospecho que a los subdominios se les da una consideración menor, menos peso que al dominio principal, y que poner información en sus subdominios lleva a que sea indexada de peor forma que si la pusiéramos en el principal.

¿Alguien con experiencia práctica en el tema podría decirme si también lo ve así? ¿Mejor en directorios? ¿mejor incluso sin nada, sobre el mismo dominio?