Lo que pretendia era saber si te ocurria lo mismo que a mi con el archivo, mi codigo de php una vez obtenido el php es el que tu has escrito y la salida que obtengo por pantalla es la que he escrito en el post anterior, es decir, despues de ejecutar un software que me genera un txt, ejecuto el codigo escrito por ti y el resultado por pantalla es el siguiente:
0 | 683 | 0
0 | 0 | 1
0 | 0 | 2
0 | 0 | 3
0 | 0 | 4
0 | 0 | 5
0 | 0 | 6
0 | 0 | 7
0 | 0 | 8
0 | 0 | 9
0 | 0 | 0
El txt adjuntado es muy largo pero te pongo unas lineas:
683 ENERGY = -198.6 sequence
1 G 0 2 683 1
2 G 1 3 682 2
3 U 2 4 681 3
4 U 3 5 680 4
5 C 4 6 679 5
6 U 5 7 678 6
7 A 6 8 677 7
8 C 7 9 676 8
9 A 8 10 675 9
10 U 9 11 0 10
11 A 10 12 0 11
12 A 11 13 0 12
13 A 12 14 0 13
14 U 13 15 0 14
Y bueno el codigo php es algo asi:
Código:
$allseq = $seq1.$spacerseq1.$seq2.$spacerseq2.$seq3;
$ctrute="PATH-TO-SOFT";
$randnum = rand(1,100);
$filename = RandomString($randnum,TRUE,TRUE,FALSE);
$filet = $filename."seqout.txt";
$filef = $filename."seqin.fa";
$filec = $filename."seqct.ct";
$fp = fopen("$filef", 'w');
fwrite($fp, ">sequence");
fwrite($fp, "\n");
fwrite($fp, $allseq);
fclose($fp);
$command = $rute . " " . " < ". $filef . " | " . $ctfile . " > " . $filec;
exec("$command > $filet");
$f = $filet ;
$file = file_get_contents($f);
// matriz bi-dimensional
$regs = array_map(function($reg){return (explode(' ',$reg));},explode("\n",$file));
$i = 0;
// Ahora supongo me interesa mostrar columnas 1,3 y 5
foreach ($regs as $reg){
printf("%d | %d | %d \n<br/>",$reg[0],$reg[2], $reg[4]);
}
Donde:
RandomString es una funcion que tengo definida y funciona sin problemas, y la variable allseq almacena diferentes variables recogidas previamente de un form.
Dime si necesitas algo mas y te lo escribo sin ningun problema.
Saludos y gracias