leer columnas de txt

[Italico76]

Pues... sin tocar en nada mi programa :

Código PHP:

<?php
 
$file = <<<'FILE'
1 G 0 2 683 1
2 G 1 3 682 2
3 U 2 4 681 3
4 U 3 5 680 4
5 C 4 6 679 5
6 U 5 7 678 6
7 A 6 8 677 7
8 C 7 9 676 8
9 A 8 10 675 9
10 U 9 11 0 10
11 A 10 12 0 11
12 A 11 13 0 12
13 A 12 14 0 13
14 U 13 15 0 14
FILE;
 
// matriz bi-diemensional
$regs = array_map(function($reg){return (explode(' ',$reg));},explode("\n",$file));
 
// Ahora supongo me interesa mostrar columnas 1,3 y 5
foreach ($regs as $reg)
    printf("%d | %d | %d \n",$reg[0],$reg[2], $reg[4]);
 

El resultado es

1 | 0 | 683
2 | 1 | 682
3 | 2 | 681
4 | 3 | 680
5 | 4 | 679
6 | 5 | 678
7 | 6 | 677
8 | 7 | 676
9 | 8 | 675
10 | 9 | 0
11 | 10 | 0
12 | 11 | 0
13 | 12 | 0
14 | 13 | 0

A proposito que quieres hacer exactamente con esa secuencia de RNA ? quieres generar random primers para una PCR ?