Esta misma duda la plantié hace unos meses atrás aquí mismo. Luego de implementarlo te puedo contar mi experiencia:
1. No es lo mismo. Separar en subdominios es CASI como tener páginas distintas. La interconexión (enlaces) que tengas entre ellas determinarán el grado de posicionamiento relacionado que tengas.
Por ejemplo, mi caso, si buscan "Mi Marca" en Google encontrarán:
http://es.mimarca.com/
y unos lugares más abajo
http://en.mimarca.com/
¿Porqué posicionó mejor ES que EN? Porque el trabajo de SEO (linkbuilding particularmente) lo dediqué a ello. ¿Y porque arrastró a "ES"?, por favios factores:
- Si tu marca es muy específica y los keywords hacen "match" al 100% a Google no le quedan otras opciones. Es decir, si alguien busca en google "ZapatosPepeguarro" y existe un dominio llamado "ZapatosPepeguarro" por más que sea un subdominio es. o en. pesa mucho el match de la keyword.
- Por el SEO onpage y links internos entre los distintos idiomas.
Fuente de que esto es así?
Usé a Wikipedia como "Caso se Seguimiento", analicé su estructura, su organización.
Conclusión?
Si la quieres "tener facil" al comienzo pero no te ayudará más adelante, usa todo en folders. Si la quiees tener dificil al comienzo pero más simple adelante puedes usar subdominios, ¿porque? porque el dinero que invertas en SEO más adelante estará segregado por los idiomas y las categorías que te son más rentables ya que no tendrás que hacer SEO al dominio ROOT. Allí está el truco ;)
Think in big!