Has visto por que fallaba tu intento?
Código PHP:
Ver original<?php $sql="SELECT * FROM consejos ORDER BY RAND() LIMIT 6";
$contador=0;
if($contador % 2 ==0 && $contador>0) echo "<div class='vacio'></div>";
?>
<div class="cuadros">
<h3><?php echo $fila["nombreconsejo"]; ?></h3>
<ul>
<li>Dirección: <?php echo $fila["direccion"]; ?> </li>
<li>Telefono: <?php echo $fila["tfno"]; ?> </li>
<li>Web: <?php echo $fila["web"]; ?> </li>
<li>Email: <?php echo $fila["email"]; ?> </li>
<li><a href="ficha.php?fid=<?php echo $fila['id']?>">Ver ficha</a></li>
</ul>
</div><?php
// if($contador % 2 ==0 && $contador>0) {; <-- sobra el punto y coma
/// echo "<div class='vacio'></div>";// Insertas despues de que bucle haya insertado el div.
$contador++; //<-- incrementas dentro del condicional
// };<-- sobra el punto y coma
}
//;<-- sobra el punto y coma
?>
A pesar de ello si es mejor una solución CSS.
@pateketrueke podrias postear un ejemplo dinamico.