¿El CSS se aplica a cualquier código generado con Javascript?

[matomatico]

Buenas tardes. Hice un layout de prueba en papel y luego lo trasladé a código y me quedó como quería. (Al menos en estructura, aún no veo lo estético)

[URL="http://070729l62011.netai.net/blah/configuracion.html"]http://070729l62011.netai.net/blah/configuracion.html[/URL]

Ahora, esto lo incluí en el esqueleto de mi proyecto formal (un Single page application), pero al parecer las reglas CSS no están aplicándose a mi código generado con Javascript.

[URL="http://070729l62011.netai.net/blah/"]http://070729l62011.netai.net/blah/[/URL]
(Comparen el primero con la segunda pantalla de éste)

Ya probé generando código extra con Javascript o desde la consola de Chrome y en ambos casos me funciona.

Es algo extraño que me retarda un poco. Gracias por su tiempo.