Aunque tengas el sistema operativo configurado en ese locale el archivo no esta en codificado apropiadamente.
La transferencia ftp en principio no debería afectar lo mas mínimo.
Tenemos que realizar dos pasos:
1) Comprueba la codificación del archivo
2) Una vez que sepas la codificación del archivo, lo tienes que convertir a UTF-8. Para ello tenemos el comando iconv
Para obtener la lista de codificaciones disponibles
Ejemplo de ejecución del comando
Código:
iconv --from-code <NECESITAS_AVERIGUAR_ESTE_ENCODING> --to-code UTF-8 <path_to_file>