Muchisimas Gracias Libras. ya logre hacer lo que necesitaba dejare la consulta en caso de que alguien mas tenga el mismo problema que yo.
Cita: select * from tbl.Cuenta c
where not exists (select cu.Id from tbl.Cuenta cu inner join tbl.Aplicacion apli on cu.Id = apli.CuentaId where apli.UnidadId = 1 and apli.FuenteDeIngresoId = 1 and apli.CuentaId = c.Id)