Después de leerme tu código un rato. Y ver la documetación de tkinter
http://effbot.org/tkinterbook/checkbutton.htm
Tu error es bastante obvio.
enmascarar3 (enmascarar6) en algún punto se convierte en IntVar. Y por eso te aparece PY_VAR1.
Lo que tienes que hacer es:
Código Python:
Ver originalenmascarar3.get() # para obtener el estado del checkbox o tal vez enmascarar6.get()
En general, si se ve que es tu primer programa, pero que sigas avanzando es lo importante +1