Con las funciones exec() .. system() ..
Esas (y más) funciones son para ejecutar aplicaciones en tu S.O. .. algúnas devuelven el resultado que pueda generar (en consola) la aplicación que ejecutes ..
Lee bien que hace cada función y dedice cual usar según si requieras o no ver algún mensaje que pueda arrojar "a consola" tu aplicación perl ..
mas info:
www.php.net/exec
(y funciones afines sobre el tema)
Un saludo,