Podés usar
ob_start() y
ob_end_flush().
No es lo más bonito pero debería funcionar. Probá hacer:
Código PHP:
<?php
$identifica=$_GET['iden'];
$iden=$identifica;
?>
<script language="JavaScript">
if (screen.width<=600)
<?php ob_start(); header("Location: pruebadivs.php?iden=".$iden); ob_end_flush(); ?>
else
<?php ob_start(); header("Location: indeednuevo.php?iden=".$iden); ob_end_flush(); ?>
</script>