Una página personalizada de error 404 es muy común, y es bueno tenerla para intentar interactuar con el visitante y que navegue a otra página de la web y así no perder la visita ( y que no aumente el porcentaje de rebote, tan importante ahora ).
Las paginas de error 404 no se indexan porque devuelven un status 404 y los buscadores no indexan páginas que no existen, ahora sabemos también que google en concreto cuando se encuentra una página que devuelve un 404 no hace absolutamente nada, ni sigue enlaces.
https://twitter.com/JohnMu/status/556889502187536384