En primera utilizar plugins a lo bruto (diria el chavo) no es buena practica, ya que a veces no son compatibles entre si.
En fin:
$('#slider').nivoSlider(); // Le da la propiedad al elemento #slider de ser un nivoSlider();
$('#gallery a').lightBox(); //Le da la propiedad a cada link (<a>) que este dentro del elemento #gallery de llamar a lighbox..
Ahora a menos que #slider tenga dentro a #gallery a ... pues no funcionará :(