Claro, porque la variable esa que te decía que quitaras (style="height:<?php echo $line_height?>px;") es la que te genera esos estilos inline que a su vez serán generados por algún setting de la plantilla.
A eso me refería con lo de que ibas a perder esa funcionalidad de la plantilla. Funcionalidad que te da igual, puesto que estás poniendo el logo a mano tú solo.
No sé si me explico.
De todos modos, estoy pensando que también te debe estar metiendo estilos en ese "style" por javaScript (ese "px" detrás me lo hace pensar). Por lo que al final vas a tener que tirar de CSS y meter !important detrás de algun estilo para que "pueda" con el del style inline.
¿cómo?