Solucionado.
Añadir
al script.js del Mini Ajax File Upload.
El problema era por no seguir una secuencia de carga, ningún problema del php.
Cita: pienso que tienes mucho codigo que nisiquiera comprendes.
Esa parte sobra muchisimo y demuestra tu "profesionalidad", una cosa es el codigo que suba (que no esta limpio, acortado y demás) y otra el resultado final.