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Iniciado por Juan Carlos 
Si como dices tu web ya estaba indexada y bien posicionada, la forma correcta de proceder es mediante las redirecciones 301 para que así Google sustituya las viejas por las nuevas URL's y no pierdas posicionamiento.
De otro modo solo te queda borrar mediante las WMT todo el índice de tu web en el motor de búsqueda y empezar desde cero la indexación sin relevancia alguna.
Y como elimino todo el indice para empezar de 0?