Antes de intentar abrir el puerto con fopen deberias de configurarlo, por ejemplo agregando esa linea al inicio:
Código PHP:
Ver original`mode com3: BAUD=9600 PARITY=N data=8 stop=1 xon=off`;
Los acentos graves son para que se ejecute en la consola, es equivalente a llamar a system o a exec.
Si no te funciona, puedes cargarle a php una extencion como
phpser++.dll y luego usar desde php las funciones ser_open, ser_write, ser_read, etc.
No lo probé con un arduino mega (no tengo uno) pero si conecte a un
Cubo de Led 4x4x4 Arduino Leonardo compatible por este medio y logre hacer que dibujara distintos patrones cuando ocurrían determinados eventos y poder manejarlo desde el navegador.
Nose como sera tu caso, pero para el cubo en particular, tuve que escribir una pequeña libreria en c++ y cargársela al cubo primero para poder dialogar, básicamente era un mapeador que escuchaba el puerto serie del lado del cubo y en base el numero que recibia prendia o apagaba los led.
Tambien destacar que en mi caso la comunicacion era direccional, es decir, php le enviaba al cubo, pero el cubo nunca respondia nada, asi que no se como funcionaran las funciones de lectura de la libreria, pero no parecen muy complicadas.
Saludos!