Shortcode se coloca siempre al principio de contenido

[ArturoGallegos]

Realmente sin conocer el contenido de dichos archivos, es muy difícil decirte si existe otra forma mas recomendable, pero lo que si te puedo asegurar es que para este caso en particular hacer un include de estos archivos es lo mismo que un hecho.

para compensarlo puedes probar usar la función ob_start() de PHP

Código PHP:

ob_start();
include('archivo.php');
return ob_get_clean();
 

aunque como te digo sin saber que hacen esos archivos en si es difícil de aconsejarte mas....

Suerte con tu trabajo.