Esto son dos cosas distintas por que una es borrar el archivo del directorio de sistema y
otra cosa es borrar el contenido del archivo de forma permanente.
Si lo que quieres es borrar el archivo simplemente con un
unlink() te vale como ya te a dicho
pateketrueke, pero si lo que quieres es borrar el archivo para que sea irrecuperable,
debemos ser mas meticulosos.
La mejor opcion (aun que no la unica) en este caso es la sobreescritura de datos antes de realizar el borrado del archivo.
Para no extenderme mucho dejo aqui esta respuesta.
Si necesitas ayuda en este aspecto dimelo y te explico un poco mas los sistemas usados y un poco de inconvenientes sobre recursos y todo eso.