Cita: parece que al mostrar las variables la primera vez no las muestra pero sí si recargo la página
En esa parte no hay ningún problema, ese es el comportamiento natural de las cookies.
Cita: cuando va a la siguiente página (la índex.php) no se carga ninguna cookie
Bien, ahora viendo los screenshots que hiciste me doy cuenta que el archivo de cookies.php e index.php no están en la misma carpeta y eso definitivamente afecta el comportamiento de las cookies.
Consulta en el manual de setcookie(), ahí se explica cómo configurar la ruta de la cookie, etc.
http://php.net/setcookie