En
www.zonaphp.com tienes un artículo sobre el uso del módulo de Apache: mod_rewrite el cual realiza de forma "transparente" para tus scripts (sin tener que insertar ningún código extra en todos) para traducir el típo de URI's algo.php?id=tal .. en /algo/id/1 o similares como las que usa este foro por ejemplo (usa mod_rewrite).
Un saludo,