Acá hay dos variables a prestar atención:
Cita: Intenté cambiar los horarios de subida (donde no hay picos de tráfico) y obtuve mejores resultados.
Esto puede ser indicativo que las redes estén saturadas en general, y más a hora pico. Verificar desde el ISP donde se suben los datos, y también del lado del server.
Cita: He realizado pings a la ip y cuando hay mucho tráfico se pierden muchos paquetes.
Ahí está creo yo el punto más importante, en ese momento lo ideal es hacer pruebas bidireccionales (desde y hacia el servidor) con MTR y Traceroute. Esto arrojará más luz sobre donde está la lentitud y pérdida, si al inicio de tu conexión, en un nodo intermedio o en el Datacenter de Strato.
A nivel conectividad, creo que lo ideal sería que hospedaras los datos en EE.UU, muy seguramente no tendrás tantos saltos de red como contra Europa.
Un saludo,