Merge ramas exclude

[lac]

Hola, Necesito ayuda..
Tengo un repositorio Git y varias ramas.
En cada rama se coloco una configuración en el archivo .git/info/exclude para que solo permitiera modificar unos archivos específicos dejando "excluidos" el resto de archivos, cuando se hace commit desde estas ramas, solo se suben los archivos que están permitidos en el archivo exclude, y el resto de archivos son borrados de la rama.

Cuando hago merge a la rama master los archivos que fueron modificados me los fuciona bien, pero los archivos que no existen en la rama me los borra de la master.

Pregunto:
¿Como puedo hacer para realizar un merge de esta manera pero que no me borre los archivos de la master?

Muchas gracias por la ayuda.