A ver si no me equivoco,
una manera es guardarla con formato numerico osea con la funcion time() te guarda los segundos trancurridos desde el 1 de enero desde 1970 , lo guardas en un campo INT(14) , cuando lo llamas solo tiens de emplear la funcion date() para sacar la fecha, tienes todas las variables de esta funcion en el manual php
http://www.php.net/manual/es/ref.hyperwave.php
El principio que quieres de restar fechas creo que esto es lo mejor.
Al dato que guardaste al principio le restas el time() actual y con una simple operacion matematica sabes los segundo, minutos horas etc