Hola,
Cita: Nunca he hecho eso, ya que como bien sabes PHP se ejecuta desde el navegador.
Creo que te has expresado mal. PHP se ejecuta en el servidor. Normalmente lo mandas ejecutar desde el navegador, y se puede parar la ejecucion cancelando la carga desde el navegador.
Puede que el problema sea el tiempo de ejecucion, prueba a aumentar max_execution_time en el php.ini o usar set_time_limit() (
www.php.net/set_time_limit). Aun asi, si el usuario se desconecta o cancela la carga, parara la ejecucion.
Y que yo sepa, no hay forma de evitar el tener que esperar a que finalice la funcion.
Saludos.