Hola,
Es decir, tienes varios check con el mismo nombre, ¿verdad?. Pues entonces para que PHP los reconozca todos debes nombrarlos como un array, con []:
<input type="checkbox" name="seleccion[]" value="<%=$Menu["idmenu"]%>">
Asi todos.
Luego al recoger haces:
Código PHP:
$selecciones=$_POST['seleccion'];
// $selecciones es un array con todos los valores seleccionados
foreach ($selecciones as $valor) {
echo $valor.'<br>';
}
// o para mostrarlos en una cadena separados por coma
echo "seleccion es:".implode(',',$selecciones)."<br>\n";
Saludos.