Problemas con ñ y tildes

[abrahamhs]

Pues en realidad es la api mysqli la que esta configurada por defecto para usar el juego de caracteres latin1. Es posible que anteriormente no lo hayas tenido que configurar porque en tu BD la colacion tambien usaba un juego de caracteres latin1. Al estar iguales no te diste cuenta porque no tenias la necesidad de usar caracteres raros. Pero ahora, que tienes la necesidad y usas Ñs y acentos que no estan en el juego de caracteres latin1 te aparecieron los caracteres raros. Tambien puede ser que cuando creaste la base de datos nueva no le pusiste la misma colación que la original, porque no sabias que se tenia que tomar eso en cuenta.
Como haya sido, lo mejor es usar utf8 en BD, conexiones, apache, php, HTMLs y en cualquier API de terceros que se vaya agregando.