Optimizar un codigo

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Yo usaría un puntero doble para almacenar las palabras... así a la hora de ordenarlas en vez de tener que copiar las palabras infinidad de veces (hasta 100! veces en el peor de los casos) simplemente tendrías que copiar punteros. Otra posibilidad estaría en usar un algoritmo de ordenamiento más óptimo (quizás incluso usando varios hilos para ordenar).

En cualquier caso ningún programador sabe localizar correctamente cuellos de botella. Quizás en un algoritmo simple sí, pero en tareas más complejas ya te digo yo que eso no funciona. Yo en tu lugar mostraría marcas de tiempo para saber cuánto tarda en ejecutarse cada parte del algoritmo. Así sabrás a ciencia cierta dónde se consume la mayor parte del tiempo y te podrás centrar en intentar optimizar esa sección.

Piensa que lo mismo destinas 2 horas (o más) a revisar una parte del algoritmo que, sin optimizar, consume 2 segundos del total de 300 que dices que tarda actualmente...

Eso sí, la prueba con las marcas de tiempo ejecútala en modo release con todas las optimizaciones posibles... los resultados en modo debug no son nada fiables