Hola Rebuilding!!
Así es, el controlador es mediante PHP.
Te voy a poner un pequeño ejemplo.
Cuando tu pinchas en el enlace de tu menú, este va al archivo index.php en donde se tiene un array (en mi caso) en que tiene asociado las rutas con el controlador. Después te redirecciona al archivo controlador.php en donde ejecutará la función deseada y a raiz de lo que desees hará una cosa u otra, es decir, te llevará al Modelo y despues a la vista o solo mostrará la vista (la página) que deseas.
Al modelo solo te llevará cuando quieras hacer uso de la base de datos, validaciones...
Echale un vistazo a este
enlace y pon en practica el ejemplo que aparece. En 1 día o 2 entenderás perfectamente como funciona el modelo vista controlador en php.
Un saludo.