Y por otro lado ya lo he solucionado.
Hay que eliminar el atributo method="Post" enctype='multipart/form-data de la etiqueta <form> en el JSP para que funcione. Ese atributo es para subir archivos, lo pegue directamente del archivo de insertar en la base de datos, con lo que para este fin no hace falta y ademas ya se ha visto que da problemas.
Despues me he dado cuenta que las sentencias para borrar tienen algun fallo, porque reutilize las del select. Optimizandolas me quedaron asi (por si alguien quiere reutilizar codigo):
try {
String [] Array= request.getParameterValues("caja");
String d = "com.mysql.jdbc.Driver";
Class.forName(d);
String sURL = "jdbc:mysql://localhost:3306/imagenes";
Connection Conexion;
Conexion = DriverManager.getConnection(sURL, "root", "");
Statement misentencia;
ResultSet misresultados;
misentencia=Conexion.createStatement();
for (int j=0; j<Array.length; j++) {
int IdBorrar=Integer.parseInt(Array[j]);
out.println("<P>"+IdBorrar+"</P>");
if((misentencia.executeUpdate("DELETE FROM Imagenes WHERE Id="+IdBorrar))==1){
out.println("<P>El borrado se ha realizado</P>");
}
else{
out.println("<P>El borrado ha fallado </P>");
}
}
Conexion.close();
}