Ya he conseguido dar con la solución. La indico a continuación:
Código:
RewriteRule ^([a-zA-Z0-9-\ñ]*)/(.*)/?$ index.php?ctl=$1&emailBaja=$2 [L]
Por lo tanto la url final quedaría así: midominio.com/baja/
[email protected]
Una anotación que quiero hacer para los que le surja este mismo problema... El correo no se puede mandar como tal por la URL, hay que codificarlo en base64 para que no dé problemas con los caracteres que pueda tener, como por ejemplo el @.